El Cusco está situado en la zona central y sur oriental del Perú. Ocupa gran parte del gran nudo orográfico de Vilcanota. Su diversidad y los cambios abruptos de paisaje y ecosistemas están principalmente asociados a la Cordillera de los Andes. Si ésta no existiera, el Cusco y el Perú en general, serían lugares tropicales.

El Cusco limita por el Norte con las selvas de Junín y Ucayali; por el Oeste, con la selva de Ayacucho y la sierra de Apurímac; por el Sur, con las zonas altas de Arequipa y Puno; y por el Este con el gran llano amazónico de Madre de Dios.

Vía terrestre. Diversas carreteras comunican al Cusco con diferentes ciudades del país. Partiendo de Lima, la ruta más recomendable es la carretera Panamericana sur hasta Arequipa y luego al Cusco (1 659 km o 28 horas de viaje, aprox.). La otra ruta, no recomendable en época de lluvias, es por la sierra, vía Ayacucho.

Vía férrea. Existe un servicio diario de tren desde Arequipa, vía Juliaca (Puno), con aproximadamente 20 horas horas de viaje. Desde Puno son 10 horas. El punto más alto de esta ruta es La Raya a 4 313 msnm entre Cusco y Juliaca.

Vía aérea. Hay vuelos diarios a la ciudad del Cusco desde Lima y otras ciudades del país. El aeropuerto Velasco Astete está a 3 km de la ciudad y tiene servicios de taxis y ómnibus.